A Vila Isabel foi fundada no Morro da Glória no ano de 1958, de uma dissidência da Escola de Samba Mangueira, pelos precursores: Antônio de Souza “Catarina”, Dona Sinira, Seu Cacique, Pedro Luiz da Silva, Dorival do Nascimento, Iberê de Souza, Thiago Bompanel, José da Silva, Domingos Bompanel, Márcio dos Santos, Márcio de Souza, Vadinho do Trombone, João Paulo dos Santos, Djalma Clemente, Valmir Rosa, Geraldo Rosa, Dilton Nascimento, Antônio Olavo Bento, Darci Nascimento, Jacinto Costa, Luiz da Silva Flora, Antônio Matos, Rui Freitas, Álvaro Luiz (Alvinho).
A Vila Isabel nasce num contexto bastante controverso da história de Laguna, o carnaval da época era comemorado nos grandes bailes dos salões dos clubes, em especial Blondin e Congresso, localizados no centro da cidade, que só aceitavam frequentadores brancos e de classe social, leia-se ricos.
Na década seguinte os fundadores conseguiram junto à Prefeitura de Laguna a declaração de utilidade pública municipal através da lei 24/1968 e a doação de um terreno ao lado do cemitério da Glória, onde construíram a primeira sede de madeira.
Por iniciativa do Deputado Zany Gonzaga em 1970 o Estado de Santa Catarina declara a Vila Isabel como de utilidade pública através da Lei nº 4521, hoje convalidada e consolidada na Lei Estadual: 16733/15.
O pioneirismo da Vila Isabel nas questões de segregação racial, não seria o único, a entidade transformou o carnaval de Laguna, moldando-o como é hoje.
Até o ano de 1969, todas as entidades carnavalescas de Laguna desfilavam cantando no gogó, sem intérpretes, sambas e marchinhas do famoso carnaval carioca, e escolhiam temas para suas fantasias e apresentações que quase nunca tinham conotação com o samba cantado.
Essa realidade mudaria a partir de 1969 pois João Manoel Vicente e Celso Brum decidiram inovar, trazendo enredo e sambas próprios, e o primeiro enredo de Laguna, não poderia ser diferente, foi sobre José do Patrocínio , o Tigre da Abolição, cantando a história do grande abolicionista negro, trazendo ainda o primeiro intérprete, Helinho da Vila, que esmerou-se na sua primeira interpretação na avenida, como narra o historiador Willian dos Reis Martins em seu livro o Enredo dos Enredos, 65 anos de Brinca Quem Pode, 2012:
O radialista João Manoel Vicente tinha comprado uma briga com a turma dos blocos. Para ele, mesmo que alguns quisessem, não podiam ser considerados escolas de samba. E os enredos? Alas? Mestre-sala e portabandeira? Onde estavam? Um punhado de gente fantasiada sambando à frente da batucada tinha o seu barato, mas não guardava quase nenhuma semelhança com os desfiles das famosas agremiações cariocas, que só contariam com o sambódromo Marquês de Sapucaí a partir de 1984.
Em meio ao rebuliço provocado pela Vila Isabel, o carnaval lagunense sofreu outro, talvez mais significativo revés: Na verdade, era apenas a oficialização do que já estava sendo feito desde meados dos anos 1970, com Nivaldo Mattos à frente do Departamento de Turismo: ou seja, a divisão das agremiações em duas categorias. O que ficou então estabelecido com o regulamento de 14 de janeiro de 1980, elaborado pela comissão de carnaval e instituído como consequência imediata do decreto municipal no 01/80, de 11 de janeiro de 1980, que criou a Copa do Carnaval Lagunense. Com isso, as entidades, segundo as próprias características, poderiam escolher se enquadrar como “blocos ou ranchos” ou “escolas de samba” – as quais eram as únicas com direito a disputar a taça de campeã do carnaval. Se as demais quisessem competir pelo título, que também se convertessem. Isto implicava em informar a comissão de carnaval da decisão, no mínimo, 30 dias antes do desfile oficial, apresentar-se com 150 componentes ou mais e seguir as rígidas exigências de uma escola de samba. Tudo para que a disputa se desse em igualdade de condições, pelo menos quanto à forma de apresentação na avenida
A partir da organização Laguna despontou como um dos melhores carnavais do Brasil, as décadas de 80 e 90 seriam de explosão do turismo na cidade, e com a Vila Isabel não poderia ser diferente, nos de 1979, 1980, 1981 e 1982 a Vila Isabel conquistou seu Tetracampeonato e de quebra a Taça Tonico Ramos Fortes, da Copa do Carnaval Lagunense, instituída pelo decreto 01 de 11 de janeiro de 1980, pelo Prefeito Mario José Remor.
Seria ainda campeã nos anos de 1985, 1986, 2007 e 2009, conquistando ainda mais de 20 títulos de vice-campeonato na sua trajetória.
Em 1986 adquire uma nova sede, desta vez no centro de Laguna, local onde até hoje funciona, visando facilitar os ensaios e principalmente, dispor de um local para eventos, após reformas, inaugura o Palácio do Samba, com 200 metros quadrados dispostos em 2 pavimentos de um casarão tombado pelo Instituto do Patrimonio Histórico e Cultural Nacional – Iphan, localizado a Rua Osvaldo Aranha, SN, no Centro Histórico.
No ano de 2004, as dificuldades econômicas e falta de profissionalismo de algumas entidades, forçaram as Escolas de Samba de Laguna a restringir o grupo de entidades aptas a desfilar no carnaval da cidade, nascia a LIESLA – Liga Independente das Escolas de Samba de Laguna, entidade a quem cabe a organização e busca de recursos para a folia de momo na cidade, apenas cinco escolas de samba foram consideradas aptas a integra-la: Vila Isabel, Xavantes, Democratas, Mocidade Independente e Brinca Quem Pode, pelo critério de resultados nos desfiles nos 10 anos anteriores.
Uma nova era se inicia para o carnaval de Laguna a partir de então, culminando no ano de 2007, com a construção e inauguração do Sambódromo Hindemburgo Moreira, cuja primeira Escola de Samba Campeã se sagraria a Vila Isabel.
A comemoração dos 50 anos da Vila Isabel no ano de 2008 foi com um amargo vice-campeonato no desfile oficial, perdendo por apenas um ponto, mas a história grandiosa da Vila Isabel receberia dois grandes presentes:
O lançamento dos CDs Helinho da Vila, Minha Escola, Minha Vida, volumes I e II, onde o primeiro intérprete de Laguna canta os melhores sambas enredo da escola para a posteridade com qualidade ímpar, e o lançamento do livreto Sambas Enredo Vila Isabel, com os sambas enredo de 1979 a 2008.
A Vila Isabel ainda se sagraria campeã novamente em 2009.
2010 e 2011 foram de amargos vice-campeonatos para a Internacional, sobrevindo 2012 e 2013 em quinto lugar.
Os anos de 2014 a 2020 são marcados pela não realização dos desfiles oficiais com competição, porém a Vila Isabel decide novamente inovar e se transformar-se em um Ponto de Cultura e transforma sua sede social em um centro social e cultural, aumentando a oferta da sua conhecida e tradicional oficina de percussão que acontecia todos os anos nos meses de dezembro a fevereiro desde 1959, e oferecendo atividades culturais em contraturno escolar para crianças e adolescentes nas áreas de vulnerabilidade social da cidade de Laguna, ou seja, usando da sua especialidade maior, a cultura e o saber artístico, para transformar a realidade social do município, e assim preservar as gerações que manterão o carnaval vivo quando do seu retorno pleno.